그냥 개인적인 생각입니다.

1. 학생-수강과목이 필요한가요? 수강과목과 중복이 되므로 불필요한거같네요. 수강과목 테이블에서 원하는 학생아이디만 찾는다면 충분하네요.
2. 학생정보 수강과목 동아리 3개를 조인하면 됩니다. 즉, 말하신방법 쓰시면 됩니다.
3. 학생이 추가될때마다 수강과목 동아리가 동시에 입력이 들어가는거라면 한번더 고려 해 보시길 바랍니다. 다만 조회의 경우는 괜찮은것 같네요. 참고로 view에 대해서 알아보시면 좋을것 같네요

마스터와 원장에 대한 개념 입니다.
일단 마스터는
학생 , 과목 , 동아리로 나눌수 있습니다.

ID에 대한 개념도 중요합니다.
학생ID, 과목ID, 동아리ID로 PK를 생성하신후

원장 테이블을 하나 만드는겁니다.
거기에 이제 학생 ID, 과목ID, 동아리ID가 들어가면 되겠죠
자 원장 테이블에 이제 각각의 ID를 가지고 3개의 테이블을 조인 맺어서 이름이나 다른 필요한 부수정보를 가져오면 됩니다.
원장 테이블의 PK는 따로 하나 생성하셔도 되고 3개의 ID는 다 FK로 설정합니다.
이렇게 하고 마지막으로 처리 할 것은 원장 테이블의 FK 3개를 인덱스를 각각 하나씩 걸어주는겁니다.

간단하게 ERD를 만들어 보았습니다.

아래 테이블은 간단한 예시이며 PG를 기준으로 만들었습니다.

--학생마스터-
CREATE TABLE TB_USER_MA01
(
USER_ID character varying(22)
, USER_NM character varying(400)
, AGE numeric(13)
, USE_YN character varying(1)
, DATA_REG_DTTM timestamp
, DATA_MDF_DTTM timestamp
, DATA_REG_ID character varying(200)
, DATA_MDF_ID character varying(200)
)WITH (OIDS=TRUE);
COMMENT ON TABLE TB_USER_MA01 IS '일반오더고객마스터';
COMMENT ON COLUMN TB_USER_MA01.USER_ID IS '사용자아이디';
COMMENT ON COLUMN TB_USER_MA01.USER_NM IS '사용자명';
COMMENT ON COLUMN TB_USER_MA01.AGE IS '연령';
COMMENT ON COLUMN TB_USER_MA01.USE_YN IS '사용여부';
COMMENT ON COLUMN TB_USER_MA01.DATA_REG_DTTM IS '데이터등록일시';
COMMENT ON COLUMN TB_USER_MA01.DATA_MDF_DTTM IS '데이터수정일시';
COMMENT ON COLUMN TB_USER_MA01.DATA_REG_ID IS '데이터등록아이디';
COMMENT ON COLUMN TB_USER_MA01.DATA_MDF_ID IS '데이터수정아이디';