정부가 내년 국가 연구개발(R&D) 예산 삭감을 보완하기 위한 혁신안을 발표했지만 삭감으로 직격탄을 맞은 학계와 정부출연연구기관의 불만은 당분간 가라앉지 않을 전망이다.
국회 예산결산특별위원회 위원장과 여야 예결위 간사만 참여하는 국회 예산소위 내 소위원회(소소위)에선 과학기술정보통신부 예산을 정부 원안보다 얼마나 늘릴지를 두고 최종 '예산전쟁'에 돌입했다.
전국과학기술노동조합 관계자는 27일 아주경제와 통화하면서 "이번 정부 정책에서 가장 큰 문제는 출연연을 국가기술연구센터(NTC) 중심 체제로 전환하는 것"이라고 지적했다.
이어 "정부가 글로벌 R&D 예산을 늘리는 것은 노조 차원에서 계속 반대하고 있다"고 말했다.
과기노조 관계자는 "정부가 NTC를 지정하는 것은 (지정되지 않은) 다른 출연연 사업은 구조조정하려는 의도로 읽힌다"며 "임무중심센터로 출연연을 재편하려는 것"이라고 주장했다.
과기노조는 한국항공우주연구원·한국과학기술원(KIST) 등 5개 출연연 연구자 2000여 명이 가입한 산별노조다.
이종호 과기정통부 장관은 이런 주장이 사실과 다르다고 선을 그었다.
이 장관은 "NTC는 현행 출연연의 연구과제중심운영제도(PBS)를 개선하고자 정부가 고심한 결과"라며 "출연연별로 역할·예산이 달라 하나의 기준으로 평가할 수 없는 만큼 국가가 특정 임무를 주고 그 임무 달성을 지원하는 NTC를 만드는 것"이라고 설명했다.
그러면서 "NTC는 기존 PBS에 구애받지 않고 인건비를 보장받으며 연구에만 집중할 수 있다"며 "출연연으로서도 내부 임무가 다양해지는 효과가 있을 것"이라고 덧붙였다.
학계에선 당장 내년부터 대학원생(학생연구원) 인건비조차 지급하지 못할 것을 우려한다.
적립금으로 R&D 예산 삭감에도 어느 정도 버틸 수 있는 4대 과학기술원과 달리 일반 대학 내 기초과학 연구 대학원은 당장 내년부터 존립 자체를 위협받는다는 것이다.
서울대·연세대·고려대 등 총학생회와 대학원생 노조는 이달 초 국회 예결위 여야 간사를 만나 글로벌 R&D 예산을 줄이고 대신 기초과학 대학원에 대한 지원을 늘릴 것을 요청했다.
이 장관은 이에 대해 "학생연구원 인건비는 현재 국회에서 심사 중이며 과기정통부가 예산 편성 과정에서 소홀히 했던 부분이 국회 심의를 통해 보강될 것"이라고 말했다.
이어 "정부가 대학원생에 대한 장학금을 늘려 학생연구원이 학업과 연구에 몰두할 수 있는 환경을 만들겠다"고 약속했다.
정부가 혁신안을 발표했지만 여야는 R&D 예산을 두고 공방을 거듭하고 있다.
정부가 내년 예산을 올해 대비 5조2000억원(16.6%) 삭감한 25조9000억원을 편성하자 야당은 지난 14일 과학기술정보방송통신위원회 예산안심사 소위에서 정부 원안보다 8000억원을 늘려 단독 통과시켰다.
여당은 이공계 R&D 장학금을 늘리는 형태로 학생연구원을 지원할 방침이라고 밝혔지만 야당은 관련 예산 자체를 3조원 이상 증액할 것을 요구하고 있어 예산안 통과까지 극한 대립이 이어질 전망이다.
국회법상 내년도 예산안 법정 처리 시한은 12월 2일이다.
여야는 오는 30일 예결위 전체회의에서 연구개발 예산을 포함한 예산안을 처리하기로 했다.
 
과기노조는 "정부는 기초연구 지원사업과 4대 과기원 연구운영비, 출연연 연구운영비 등에 대한 삭감액 5234억원을 즉각 복원해야 한다"며 "여당과 기획재정부가 이를 받아들일 때까지 야당과 연대해 투쟁할 것"이라고 말했다.