국방부 조사본부가 비상계엄 사태에 연루됐다는 의혹이 제기됐다.
조사본부 측은 국군방첩사령부로부터 수사권 지원 요청을 여러 차례 받았지만, 모두 불응했다고 반박했다.
이후 합동수사본부 요청에 따라 수사관 10명을 파견했지만, 계엄 해제로 현장 투입은 없었다는 것이다.

조사본부 관계자는 12일 국방부 출입기자단에 "지난 3일 계엄령 선포 이후 방첩사로부터 수사관 100명 지원을 네 차례 요청받았지만, 근거가 없다고 판단해 응하지 않았다"고 밝혔다.

방첩사가 계엄 선포 직후였던 오후 10시43분, 오후 11시5분, 오후 11시28분, 오후 11시52분 등 연달아 수사관 지원을 요청했다는 것이다.
이 같은 요청은 여인형 방첩사령관이 박헌수 국방부 조사본부장에게 직접 한 것으로 알려졌다.
여 사령관과 박 본부장은 육사 48기 동기다.

다만 이 관계자는 "이후 합동수사본부 실무자 요청에 따라 합동수사본부 시행 계획상 편성돼 있는 수사관 10명을 4일 오전 1시8분 출발시켰다"면서도 "(7분 뒤인) 오전 1시15분 국회의 계엄 해제 의결 직후 국방부 청사 출입문 인근에 있던 수사관들을 즉시 복귀시켰다"고 강조했다.

방첩사의 수사관 파견 요청에는 불응했고, 계엄 시행 이후 방첩사를 중심으로 꾸려지는 합동수사본부 요청에는 응했다는 것이다.
그러나 계엄이 해제되면서 실제로 수사관이 현장에 투입되는 일은 없었다는 게 조사본부 입장이다.
하지만 조사본부가 밝힌 수사관 파견 시점은 4일 오전 1시8분으로, 이미 계엄 해제 의결이 이뤄진 뒤였다는 점에서 앞뒤가 맞지 않다는 지적도 있다.

앞서 군인권센터는 이날 기자회견을 열고 "복수의 제보에 따르면 비상계엄 선포 이후 여인형 방첩사령관이 박헌수 국방부 조사본부장에게 연락해 수사관 지원을 요청했고, 이에 따라 박 조사본부장이 군사경찰 수사관을 국회로 출동시켰다"고 밝혔다.
센터는 "김용현 전 국방부 장관의 직속 수사기관인 조사본부는 수사 대상 기관"이라며 공조수사본부에서 빠져야 한다고 주장했다.

한편 센터 측은 박헌수 국방부 조사본부장, 수사상황실장 등 국방부 조사본부 관계자를 직권남용 및 내란 혐의로 고위공직자범죄수사처(공수처)에 고발했다.
국방부 조사본부는 현재 경찰, 공수처 등과 함께 '12·3 비상계엄 사태' 합동수사를 위한 공조수사본부에 속한 상태다.